La estructura organizativa de Innicia se divide en 3 grandes áreas de trabajo:
AREA DE INNOVACIÓN
Investigación, Diseño de proyectos y Evaluación.
AREA DE ADMINISTRACIÓN
RR.HH y Contabilidad.
AREA DE PROYECTOS E INTERVENCIÓN
Trabajo social y Comunicación.
EL EQUIPO HUMANO
Myriam Pérez Andrada, consultora experta en políticas sociales, lidera un equipo formado por 8 mujeres y 4 hombres de diferentes áreas: Trabajo social, Psicología, Comunicación, Contabilidad, donaciones y Relaciones institucionales.